Darf ich zwei Bescheinigungen im Jahr erstellen?
Ja, es dürfen ausnahmsweise zwei Bescheinigungen erstellt werden.

In der FAQ auf der ELSTER Homepage wird dies am Besten erklärt:

"Wie ist bei einem Wechsel des elektronischen Lohnbuchhaltungssystems innerhalb des laufenden Kalenderjahres zu verfahren? Muss bei ununterbrochenen Beschäftigungsverhältnissen auch in diesem Fall eine einzige Lohnsteuerbescheinigung übermittelt und ausgedruckt werden oder können hier ausnahmsweise zwei Bescheinigungen erstellt werden?

Bei einem unterjährigen Systemwechsel greift der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit. Dahingehend kann in dieser Ausnahmesituation die Vorgehensweise an die innerbetrieblichen Abläufe angepasst werden.
Folgende Vorgehensweisen kommen in Betracht:

  • Übernahme der Daten in das neue System. Elektronische Übermittlung und Ausdruck einer einzigen Lohnsteuerbescheinigung am Ende des Kalenderjahres beziehungsweise am Anfang des Folgejahres.
  • Falls eine Übernahme der Daten in das neue System nicht möglich ist, so können zwei separate Bescheinigungen übermittelt und ausgedruckt werden 1. Lohnsteuerbescheinigung: mit dem Altsystem bis zum Wechselzeitpunkt; 2. Lohnsteuerbescheinigung: mit dem Neusystem ab dem Wechselzeitpunkt.Achten Sie bei dieser Vorgehensweise bitte darauf, dass es bei den Beschäftigungszeiträumen nicht versehentlich zu ungewollten Überschneidungen oder Lücken kommt.Es empfiehlt sich, das Betriebsstättenfinanzamt (§ 41 Abs. 2 EStG) im Vorwege über den beabsichtigten Systemwechsel zu informieren. Sofern nach Erstellung der Lohnsteuerbescheinigungen festgestellt wird, dass die erste und / oder zweite Lohnsteuerbescheinigung unzutreffend ist (z. B. Berücksichtigung eines Freibetrages in voller Höhe in beiden Lohnsteuerbescheinigungen), ist dies mittels Korrektur- und Stornierungsverfahren zu korrigieren."

Quelle: elster.de (Stand 10.01.2020)

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